厭氧或缺氧條件，當污水中的可降解有機物不足時，則需要額外投加營養物。CH3COOH+8NO3-→6H2O+10CO2+4N2+8OH-+能從式子中可以看出，所謂碳源并不是給反硝化提供碳，而是作為還原劑提供電子。

目前市面上常用的碳源：甲醇、乙酸、乙酸鈉、面粉、葡萄糖、復合碳源、污泥水解上清液及垃圾滲濾液等。

甲醇：甲醇作為碳源是很多項目上都在使用的一種方式。以甲醇為碳源，反硝化反應為 6NO3-+ 5CH3OH → 3N2+ 5CO2 + 7H2O + 6OH- ，根據此反應去除1mg NO3-N 需要1.9mg CH3OH。以甲醇作為碳源比以葡萄糖作為碳源反硝化速率快很多。甲醇在保存和使用上都需要多注意，甲醇對人體有低毒，因為甲醇在人體新陳代謝中會氧化成比甲醇毒性更強的甲醛和甲酸（蟻酸）。

葡萄糖：若一葡萄糖作為碳源9C6H12O6)，C6H12O6：NO3 -N 大約為7左右，容易引起細菌的大量繁殖，導致污泥膨脹，增加出水中COD的值，影響出水水質。建議用葡萄糖，用葡萄糖效果還是不錯的，面粉效果比葡萄糖差。

面粉：這里說的面粉為小麥精致面粉，成分上也是非常高的。當缺氧或者厭氧池子中的污泥濃度較低時，通過以小麥面粉補充碳源對活性污泥的形成是有著很大的幫助的。同時，面粉也較容易買到。如設備的容積比較小，可以考慮以面粉作為碳源。

乙酸鈉：若以乙酸鈉（CH3COONa)作為碳源，是小分子有機酸的原因， 反硝化菌易于利用，脫氮效果是較好的。一般冬天時投加碳源，都是建議可以選擇乙酸鈉作為碳源投加，易溶于水，易被微生物所利用，所產生的污泥量相比于其他碳源時略高。

復合型碳源：可以在生化段來水碳源不足的環境下有效補充碳源、為厭氧系統啟動或運行提供高效的微生物碳源;可在工業污水處理生化段啟動及運行、生化系統負荷下降、提高生化微生物代謝環境B/C比、提升生化系統抗沖擊能力和毒性沖擊能力等情況下提供高效碳源。